Idea powołania do życia Muzeum w Raciborzu zrodziła się na początku XX wieku, a zainicjowana została przez wykładowców Gimnazjum Królewsko – Ewangelickiego w Raciborzu. Na siedzibę muzeum przeznaczono XIV wieczny budynek pokościelny, należący w przeszłości do zgromadzenia ss. dominikanek, opustoszały i niszczejący od 1911 r. W kościele przeprowadzono konieczne prace remontowo – adaptacyjne. Oficjalne otwarcie muzeum miało miejsce 4 grudnia 1927 r. Pierwsze ekspozycje prezentowały m. in. zbiory naczyń cynowych, szklanych i porcelanowych, militariów, rzeźby i malarstwa sakralnego, ksiąg i przedmiotów liturgicznych, zabytki archeologiczne i etnograficzne. Zorganizowano również ekspozycję mumii egipskiej wraz z kartonażem i sarkofagami.

Zbiory muzeum powiększały się tak, że wkrótce zaczęło brakować miejsca. Koniecznością stały się ponowne prace remontowe (1936 – 1938), podczas których odkryto dwa freski datowane na pierwszą połowę XVII w. Od roku 1938 r. muzeum zajęło całą powierzchnię dawnego kościoła pod wezwaniem Św. Ducha. Począwszy od 1945 r., przez kilka następnych lat znaczna ilość zbiorów muzealnych uległa zniszczeniu lub zagubieniu. Po zakończeniu II wojny światowej rozpoczęto na nowo organizację muzeum. Wówczas w jego posiadaniu znajdowało się jedynie 900 muzealiów, a zabytkami opiekował się Powiatowy Referat Kultury. Po 1948 roku wystawiennictwo obejmowało kulturę ludową ziemi raciborskiej, sztukę średniowieczną, rzemiosło artystyczne, militaria oraz zabytki Starożytnego Egiptu.

Systematycznie i w bardzo szybkim tempie powiększały się zasoby muzealne, dlatego zaadaptowano dla potrzeb ekspozycyjnych i administracyjnych kolejny budynek przy ul. Chopina 12. Urządzono w nim trzy wystawy w oparciu o własne zbiory. W roku 1964 w nowo wybudowanym obiekcie przy ul. Rzeźniczej 15 umieszczono administrację magazyny oraz bibliotekę. W roku 1990 Muzeum w Raciborzu stało się jednostką organizacyjną Gminy Racibórz.
Dzisiejsze muzeum mieści się w trzech obiektach muzealnych. W budynku przy ul. Gimnazjalnej 1 (dawny kościół ss. dominikanek) eksponowane są wystawy stałe i czasowe. Przy ul. Chopina 12 prezentowane są wystawy stałe, znajduje się w nim biblioteka muzealna oraz magazyny ze zbiorami. Przy ul. Rzeźniczej 15 ulokowana jest administracja muzeum. Placówka posiada cztery działy merytoryczne działalności podstawowej: Dział Archeologii, Historii, Etnografii, Sztuki i Rzemiosła Artystycznego oraz działy pomocnicze: Dział Oświatowy i Administracyjny, a także pracownie fotograficzną i techniczną.
Muzeum w Raciborzu jest jednym z najstarszych i najbogatszych w eksponaty muzeów na Śląsku. Przez wszystkie lata swojej działalności prezentowało i prezentuje dziedzictwo kulturowe materialne i niematerialne regionu raciborskiego i Śląska. Za pomocą swoich zbiorów popularyzuje historię, sztukę, kulturę materialną we wszystkich jej aspektach promując nie tylko instytucję ale także Racibórz na terenie kraju i za granicą. Muzeum jest jedną z najstarszych instytucji miejskich w Raciborzu.